収益物件の売却時にかかる税金は？節税対策や確定申告の流れも解説！

税負担を少しでも軽減したい方は、事前にどのような税金がかかるのかを理解して適切な税金対策を講じること、売却後の確定申告までの流れを把握しておくことが大切です。
そこで今回は、収益物件を売却したときにかかる税金の種類や節税対策、確定申告の流れについて解説します。

収益物件を売却したときにかかる税金の種類

収益物件の売却には、さまざまな税金が関係します。
主にかかる税金としては「譲渡所得税」「登録免許税」「印紙税」の3つが挙げられます。
それぞれの税金の特徴について、具体的に確認しましょう。

税金の種類①譲渡所得税

収益物件を売却したときにかかる税金のひとつが「譲渡所得税」です。
物件の売却価格から取得費や譲渡費用などを差し引いた「譲渡所得」に対して課税される税金です。
譲渡所得は「売却価格－（取得費＋譲渡費用）－特別控除額」の計算式で求められます。
譲渡所得に対して適用される税率は、物件の所有期間によって異なります。

●短期譲渡所得（所有期間5年以下）：39.63%（所得税30.63%＋住民税9%）
●長期譲渡所得（所有期間5年超）：20.315%（所得税15.315%＋住民税5%）

長期譲渡所得のほうが税率が低くなるため、収益物件を売却するときには所有期間を確認したうえでタイミングを検討することが重要です。

税金の種類②登録免許税

アパートローンなどを利用して収益物件を購入した場合、金融機関による抵当権が設定されます。
抵当権が残っている状態では収益物件を売却できないため、まず抵当権を抹消するための登記をおこなう必要があります。
抵当権抹消登記の手続きには「登録免許税」と呼ばれる税金が課され、不動産1件につき1,000円です。
つまり収益物件の抵当権を抹消するときには、建物と土地合わせて2,000円の登録免許税がかかります。

税金の種類③印紙税

収益物件を売却するときには、買主との間に不動産売買契約書を交わします。
不動産売買契約書をはじめとする課税文書に課される税金が印紙税です。
印紙税の金額は契約金額によって異なり、1,000万円超5,000万円以下の場合は1万円、5,000万円超1億円以下の場合は3万円です。
なお、令和9年3月31日までに作成された不動産売買契約書には軽減措置が適用されています。
軽減措置が終了すると、上記の印紙税額は2倍に増加するため、収益物件の売却を考えている場合は早めの対応が重要です。
また、契約金額が大きくなるほど印紙税の負担も増えるため、事前に確認しておきましょう。

収益物件を売却したときにできる節税対策

収益物件の売却にかかる税金は高額になる可能性がありますが、適切な対策を講じると負担を軽減できます。
ここでは、収益物件を売却するときに利用できる節税対策について解説します。

節税対策①事業用不動産の買い換え特例を利用する

個人が収益物件を売却するとき、一定期間内に次の事業用不動産を購入したら譲渡所得税の一部を繰り延べできる制度を「事業用不動産の買い換え特例」といいます。
この特例を利用すると、譲渡所得税の80％を将来に繰り延べできるため、売却益を手元に多く残すことが可能です。
本来納めるべき税金を新たな事業用不動産の購入費用に回すことができ、購入できる物件の選択肢が広がります。
ただし、あくまでも繰り延べに過ぎず、税金の負担がなくなるわけではありません。
新たに購入した事業用不動産を短期間で売却すると、短期譲渡所得に該当し、税率は39.63%となるため、売却のタイミングを調整することが求められます。
また、売却する事業用不動産の所有期間が10年を超えていることなどの条件を満たさないと、この特例を利用できない点にも注意が必要です。

節税対策②確定申告で青色申告を活用する

収益物件を売却して譲渡所得が発生したら、売却した翌年に確定申告をして譲渡所得税を納める必要があります。
そのとき、白色申告ではなく青色申告を選択すれば控除額を38万円から最大65万円にまで増やすことが可能です。
控除額が増えることで課税対象となる譲渡所得税を減らせるため、まだ白色申告をしている方は、この機会に青色申告に切り替えることをおすすめします。
青色申告に切り替えるには、申告年の3月15日までに青色申告承認申請書を納税先の税務署長に提出する必要があります。
ただし、帳簿は複式簿記で記載しなければならず、e-Taxによる申告または電子帳簿の保存をしないと、最大65万円の控除を受けられない点に注意が必要です。

節税対策③電子契約を交わす

2022年5月18日より、不動産取引において電子契約が認められるようになりました。
電子契約で不動産取引売買契約書を交わしたときには、契約書に収入印紙を貼る必要がありません。
そのため、紙ベースで契約を交わすときと比較すると印紙税額を抑えられます。

収益物件の売却から確定申告までの流れ

収益物件の売却後は、税金の申告を適切におこなう必要があります。
ここでは、収益物件を売却してから確定申告をおこなうまでの流れを解説します。

流れ①確定申告の準備

収益物件を売却した場合、その翌年の2月16日～3月15日までの間に確定申告をおこないます。
確定申告の時期には、税務署から「譲渡所得がある場合の確定申告のお知らせ」が届くため、申告を忘れる心配はありません。
確定申告には、主に以下の書類が必要です。

●確定申告書Bおよび分離課税用申告書（第三表）
●譲渡所得の内訳書
●収益物件購入時の契約書や領収書（取得費の証明用）
●収益物件売却時にかかった仲介手数料などの領収書（譲渡費用の証明用）

とくに注意したいのは、購入時と売却時にかかった費用の領収書を用意することです。
譲渡所得は売却金額から取得費と譲渡費用を差し引いて求めますが、これらの費用を正確に計上しないと、納税額が高くなる可能性があります。
また、もし購入時の費用がわからない場合、売却金額の5％を取得費として計上することも可能です。
しかし、これでは購入費用が低く計上され、譲渡所得が大きくなってしまいます。
そのため、確定申告をおこなう前には、取得費と譲渡費用をできる限り正確に計上できるように、当時の領収書などを揃えることが重要です。

流れ②売却益を計算して確定申告をする

確定申告で納める必要のある譲渡所得税は、自分で計算して求める必要があります。
まず、売却金額から取得費と譲渡費用を差し引いて売却益（譲渡所得）を算出します。
そのあと、譲渡所得税の計算をおこない、確定申告書に記入して管轄の税務署に提出しましょう。
電子申告（e-Tax）を利用すれば、オンラインで手続きが可能です。
青色申告で最大限の控除を受けるためにも、電子申告を利用するようにしましょう。
なお、収益物件を売却して得た譲渡所得は分離課税の対象となり、給与所得や不動産所得とは別に単独で納税額を計算します。

流れ③税金を納める

納税額を計算したら、確定申告の期限である3月15日までに税金を納付します。
確定申告時に振替納税の手続きをすれば、指定した金融機関の口座から4月下旬頃に引き落とされます。
振替納税を利用すると納付期限を1か月先延ばしにできるため、現金を用意するのが難しいときには利用を検討するのも一つの方法です。
また、住民税については、自治体から送付される納付書で納税する普通徴収と、給与から天引きされる特別徴収のいずれかを選択できます。

まとめ

収益物件を売却するときには、譲渡所得税や印紙税、登録免許税などの税金がかかります。
なかでも譲渡所得税は高額にのぼりやすいため、買い換え特例や青色申告を活用するなどして税金対策をおこないましょう。
また、収益物件を売却して譲渡所得が発生したら、売却翌年に確定申告を忘れずにおこなうことが重要です。